涉谷崩坏之后的一年，秋叶原RADIO会馆的大厦楼顶上坠落了人工卫星的新闻闹得沸沸扬扬。以秋叶原为据点的三人发明小组“未来发明研究所”队长，改不了中二病的大学生冈部伦太郎和他的伙伴们终日重复着古怪发明的开发。2010年7月28日，冈部为了取得学分和同级的好友桥田至一同去了讲义会场，在那里，他们遇见了年仅18岁就成功在美国科学杂志刊登论…

本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不…

明天就是伸惠的生日了，英文叫做“Birthday”。在美羽的提议下，大家决定一起亲手做一个礼物送给伸惠姐。三个人在千佳的房间里集合。好容易瞒过姐姐，可是又因为一连串的原因，使得“工作”迟迟没有进展。夜深了，熬夜对于女孩们来说可真不是件容易事：美羽倒在桌上了，茉莉也打起了哈欠，千佳的眼皮直打战……这可真叫人担心。

自称是“凤凰院凶真”的中二病大学生冈部，为了修学分的他与青梅竹马真由理一同去听中钵博士召开的时间机器宣讲会。会后听到惨叫的冈部看到了躺在血泊之中的红莉栖，在他发出“红莉栖遇刺”的短信给好友桥田后立即感到了不同寻常的异样感，他所在的世界似乎发生了某些微妙的改变。