自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协…