故事从2007年10月“十七大”闭幕讲起。这天喜耕田看了闭幕实况，便激动不已，在和家人的抬杠下耕田表示要入党。几天后，青山要结婚，青山在村中摆了十口大锅请全村人吃饭，席间告诉大家他要竞选村主任，全家人听得吃惊，都不同意。第二天玲爱家就出了黄头发的事，玲爱找青山破案，并许诺给青山拉选票。选举这天青山差一票没选上，埋怨家人不支持…

《战国少女》的特色是把所有日本武将们全变成充满热血的纯"娘"们。现代的女子中学生日出佳乃于某天突然不可思议地穿越了时空返回了只有女性的日本战国时代，并且与织田信长相遇。在当时，织田信长有着以收集“传说的深红盔甲”来统一全国的野心，而不知什么原因，日出佳乃化成了丰臣秀吉并帮助织田信长达成她那统一全国的野望…

故事以游戏为基础，是前作D.C.53年之后的故事。故事中两位女主角朝仓音姬和朝仓由梦是前作主角的孙女，但动画以女主角之一的月岛小恋与主角交往为开头，以游戏剧情的天枷美夏路线为结尾。