故事背景设定在《天才麻将少女》本篇第二主角原村和曾生活的奈良县，主角校为阿知贺女子学院。 原村和在初中阶段曾经在阿知贺女子学院读书，由于人数不足，麻将部一度处于废部的境地，而麻将部的活动室则被当做当地儿童麻将活动室，今年由于人数足够，麻将部重新开始活动，围绕原村和展开的麻将竞技故事由此开始。

故事讲述天才麻将少女宫永咲虽然还是一位刚升入高中一年级的学生，便能以正负0分的方式打完牌局从而创下赫赫威名。故事二号女主角原村和则是在全国中学生麻将大赛个人组中夺得冠军的少女，两人因缘而聚到了麻将部，并以高中校际比赛的顶点为目标展开一段麻将竞技之旅。