本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不…

自称是“凤凰院凶真”的中二病大学生冈部，为了修学分的他与青梅竹马真由理一同去听中钵博士召开的时间机器宣讲会。会后听到惨叫的冈部看到了躺在血泊之中的红莉栖，在他发出“红莉栖遇刺”的短信给好友桥田后立即感到了不同寻常的异样感，他所在的世界似乎发生了某些微妙的改变。