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故事发生在一座孤岛的研究所中。从少女时期就开始过着完全隔离生活的天才程序员——真贺田四季博士被关押在那里。为了见这位天才一面,那古野大学的准教授犀川创平与学生西之园萌绘来到了研究所。在那里,师生两人目击了一起离奇的杀人案:原本不会有人员出入的房间里,却出现了身穿婚纱、支离破碎的尸体。两人被卷入了不可思议的密室杀人事件……
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这次剧场的故事将围绕一名持有名为“凤凰石”的神秘之石的充满谜题的女性角色“艾克蕾娅”展开。能够自由操纵火焰的灭龙魔导士纳兹,给了纳兹许多帮助的伙伴——会飞的猫哈比、星灵魔导士露西,“FAIRY TAIL”就是一个集结了许多个性丰富的成员们的热闹公会。某一天,“希望可以抓住在某个港口城市里作恶的盗贼团首领吉斯”的委托交给了这个公会…