1555年，时为战国时代。有位青年怀抱着远大的梦想，被人称作大傻瓜的他正是后来的织田信长。有一位仰慕着青年的少女，被信长的梦想所吸引的她笑着说道“我要成为信长大人的忍者！”目标只有一个，那就是天下布武！

普通的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者斗争中丧命。在他濒死之际，竟然被神祕的忍者灵魂附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者终结者”，专门终结忍者，为了复仇而战！以近未来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的生死决斗揭开序幕！

《忍者龟》新系列的故事发生在纽约曼哈顿，在热闹的市区的地下水道里，生活着主人公：四只少年忍者龟和一只六英尺高的老鼠——他们的老师斯普林特。某一天，作为人类的斯普林特不幸遭受了一种神奇绿色物质的辐射，变异成了一只老鼠，而他随身携带的四只宠物龟也开始发生了变化......

讲述怀抱着伟大梦想的忍者少女千鸟，在战国时代发生的有趣故事。

引继都市传说和惊悚要素，以令和的东京为舞台，故事以消灭都市之暗为目的的忍者集团“讨怪众”为主角而展开！

故事的主角是四只住在纽约下水道的基因突变的小乌龟，由他们的老师——一只变成了老鼠的日本忍者教导他们忍者的精神和功夫，以此同邪恶的鬼足忍者施莱德和外星人朗格进行战斗。

强势回归!忍者龟又回来啦，他们这次有全新的超威能力!跟着拉斐尔、李奥、多纳、米开使用全新武器、打击突变种，揭开藏在纽约市底下的秘密城市，卡哇棒嘎!

城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、韦恩·芬威克，及面具义警凯西·琼斯并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔…

漩涡博人虽然身为木叶英雄漩涡鸣人的儿子，但博人却并没有因为这样而喜欢父亲，反而一心希望被鸣人否定并有着超越鸣人的想法，于是恳求身为父亲永远对手的宇智波佐助收他为徒，决心写出属于自己的新篇章，让父亲对他另眼相看。

繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟…