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满月之夜的钻石偷盗事件，犯人摆脱了警察的包围网华丽地逃走了，江户川柯南在独自追捕逃犯时遭遇了石川五右卫门的袭击，柯南方才明白这次的对手将是鲁邦三世。鲁邦之后将目标转向“幻之秘宝”樱桃蓝宝石。收到鲁邦预告函的目暮警部等人，迎来了鲁邦三世潜入搜查官钱形幸一警部，他们开始合力抓捕鲁邦三世。鲁邦则在宝石顺利得手后，听从峰不二子…
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阿笠博士家的洗浴设备坏掉了，因此柯南、小兰和小哀一起去了浴池。柯南却在浴池里不慎滑倒并晕了过去。有两名奇怪的男子自称愿意带柯南去医院，带柯南上了他们的车。其中一名面相凶恶、纹有纹身的男子名叫龙，另一名男子虽然没有自报姓名，其身份却是传说中的杀手近藤！其实这两人来到温泉是为了完成一项隐秘的任务。他们认为柯南在怀疑他们并且…
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几次作为救世主拯救了创界山危机的战部渡，面临着最大的危机。小渡受到召唤，再一次来到了危机四伏的创界山，在那里看到的是像海市蜃楼一样颠倒的世界，就连龙神丸也被邪恶的力量封闭，变得七零八落。失去了龙神丸的小渡，和虎王等小伙伴一起，再次踏上了拯救创界山的征途！
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突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗…
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公元2000年8月，葛城考察队到达南极，发现了地下空洞中的巨大人形生命体Adam以及隆基努斯之枪。葛城计划进行人类基因与Adam融合的接触实验，但不幸因此唤醒了沉睡中的Adam，葛成调查队拼死使用隆基努斯之枪再度封印Adam，但结果失败，最终，葛成调查队人为使Adam的S^2机关暴走（因为葛成调查队全灭，所以详细不明），总算避免了完全的败局——也…
