柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)。随后又发生了杀人事件。杀人事件还在继续，共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候，琴酒也得知他正在寻找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼，并准备在典礼上将她刺杀。在典礼会场上，短…

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的…

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。

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一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨…

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句…

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。但是，这注定是一次不寻…

平凡的一天，供职于洛杉矶某银行的经理玛丽·沃什（布莉特妮·墨菲 Brittany Murphy 饰）请假陪同男友凯文·皮特森（迪恩·凯恩 Dean Cain 饰）去做一项常规的韧带手术。一切看似正常，但是自从玛丽离开手术室后便再未见过凯文。由于等候过于漫长，她请求服务台查询手术情况，结果发现并没有凯文的治疗记录，原定的主刀医生休假，连当初接待的护…

浮现在太平洋上的美丽岛屿：“神海岛”。岛上世代相传着“海底沉睡着古代遗迹“海底宫殿”、300年前存在的2个女海盗“Anne·Bonny”、“Mary Read”在那里留有宝藏”的传说……来神海岛渡假的柯南一行人与聚集在此地寻宝的“宝藏猎人”们偶遇，在这里，随处可见不轨举动的宝藏猎的人们，不过随后在探索海底宫殿时，一名宝藏猎人被鲨鱼群袭击后死…

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一立即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之…