约翰（理查·基尔 饰）是一位专门调查科学无法解释的不思议事件的记者，妻子玛丽（黛博拉·梅辛 饰）的意外死亡让原本生活幸福美满的他陷入了痛苦之中。令约翰耿耿于怀的是妻子生前留下的画作，画面上鬼魅一般的形象让约翰联想到了妻子曾经说过的一些奇怪的话语，这些迹象表明，玛丽的死亡或许并不是一个意外。一次偶然中，约翰在出差的途中迷了…

本作主人公为高中生，也是假面骑士史上年龄较小的骑士，口头禅为“宇宙来了”。这是假面骑士系列第一次以高中校园作为故事舞台，以高中生作为主角。主角如月弦太朗是转校生，梳着飞机头，梦想是“与学校的所有人成为朋友”。他的同班同学歌星贤吾，拥有神秘的天文开关和月球基地——玉兔舱。二人的相遇，促使了假面骑士卌骑的诞生！弦太朗与朋友…