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故事发生在一座孤岛的研究所中。从少女时期就开始过着完全隔离生活的天才程序员——真贺田四季博士被关押在那里。为了见这位天才一面,那古野大学的准教授犀川创平与学生西之园萌绘来到了研究所。在那里,师生两人目击了一起离奇的杀人案:原本不会有人员出入的房间里,却出现了身穿婚纱、支离破碎的尸体。两人被卷入了不可思议的密室杀人事件……
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盾之勇者岩谷尚文在讨伐四灵之一“灵龟”之后,前往其他异世界击败了复活灵龟的元凶——京,回到了梅洛马格。新的四灵“凤凰”即将复活,尚文本想为与其战斗做准备,却得知在灵龟骚乱中拖了后腿的三勇者下落不明,他自己的领地也没有足够的防卫力量。尚文打算将流落各地的露罗洛纳村居民寻回,为今后的战斗做准备,便前往泽特布尔,试图解救被作…
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2010年,曾经的小学生们已经步入大学,八神太一、石田大和等人步上不同的人生道路(八神太一和石田大和将会成长为22岁),而就在此时,数码宝贝的研究者(松冈茉优 配音)却告诉他们:“被选召的孩子们”长大成人后,数码宝贝也将随之消失。