在秘鲁雨林无边的翡翠之中,战线一直在被写就和改写。杀手们在这个极为密集的战区摩肩接踵,这是权力、毒药、智慧、翅膀以及下颌的战争。通过几百万年的进化训练出了捕食的完美,它们跟踪猎物。同时确保自己不会变成其余捕食者的菜单。年轻动物面临风险,每根枝干和每片树叶之下都是。谁会在拥挤亚马逊狂野的猎捕中获得胜利？亚马逊雨林的西南边缘有…

阳光明媚的一天，东都体育场正进行一场精彩的足球比赛，江户川柯南、灰原哀、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边，侦探事务所内的名侦探毛利小五郎却接到一通恐怖袭击的电话。这不是游戏或虚张声势，像是在挑衅毛利小五郎一般，路上的汽车在眼前爆炸。阻止犯人犯案的方法只有一个，那就是解读犯人留下的神秘暗号！经…

高中三年级的相原琴子，自两年前在入学仪式上对全校所仰慕的天才入江直树一见钟情后，一直对他念念不忘。虽然琴子知道一无是处的自己与头脑聪明，体育万能的美男子直树并不相配，但还是下决心给直树递情书。结果直树却说“不要”，被无情地拒绝了。那天晚上，琴子家新建的房子在地震中被损坏。琴子被父亲重雄寄养在学生时代好友家里。那里就是直…

高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道…

高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道…

本次的全新作品是纪念TV版动画播放20周年特别篇。剧中，听从黑衣组织命令研发出Apoptoxin4869的灰原哀等人将重新登场，而尚未和柯南相遇的少年侦探团、阿笠博士以及柯南尚未寄居到小兰家时的毛利小五郎也将会悉数亮相。

阳光明媚的一天，柯南、小兰以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服部平次和远山和叶。就在比赛进行中途，一封爆炸预告信送到电视台，警方迅速行动起来组织疏散。疏散一半时，爆炸突然发生，结果平次与和叶被困在建筑物中。而在一连串的混乱过后，一…