魔法仙子现在回到了地球，并受到了人们的热烈欢迎与爱戴。在安卓斯海洋世界，那普顿王正要册封他的孩子泥利斯成为下一个掌管海洋皇帝，但仪式进行到一半的时候，被一直想要争夺王位的天那斯——泥利斯的哥哥搞砸了。天那斯企图阻止这场登基大典发生，利用三叉戟将泥利斯弄伤，但最后被击败，并没收了他的魔法，送进了牢狱。

魔法仙子现在回到了地球，并受到了人们的热烈欢迎与爱戴。在安卓斯海洋世界，那普顿王正要册封他的孩子泥利斯成为下一个掌管海洋皇帝，但仪式进行到一半的时候，被一直想要争夺王位的天那斯——泥利斯的哥哥搞砸了。天那斯企图阻止这场登基大典发生，利用三叉戟将泥利斯弄伤，但最后被击败，并没收了他的魔法，送进了牢狱

在茫茫宇宙的某个世界魔法仙境里，善良和邪恶势力进行斗争，在这个奇幻世界中，存在仙灵，女巫，小精灵，一般人类以及许多其它各式各样的种族或专业。仙子们平时住在艾菲城学院内相处，学习，处理恋爱上的问题，还要在各种邪恶势力造成威胁的时候挺身奋战……

在浩瀚无边的宇宙某处，女巫和精灵正進行正邪不兩立的对峙战斗。在这称做“仙界”的奇幻世界中，精灵、人类和女巫们都必须为生存而战斗。形形色色的精灵和女巫，个个都能展现和本身個性相关的超能力。蕾儿和四个好友所组成的“仙灵组”，誓言要打击邪灵，並奋力抵抗“黑云塔学院”的邪恶女巫。

神奇仙子在艾菲城学院的第三学期开始了，她们必须在自己的家乡，靠着自己的力量为某人做出牺牲，得到了独特的变身能力，并成为超仙灵女（Enchantix），也就是真正的仙子。而也有新的成员那布(Nabu)，和新的敌人魔陀(Valtor)。

某日，仙子莱拉从达卡魔王手中逃脱，昏迷在树林边被蕾儿的神奇仙子所救，之后加入神奇仙子并跟着就读艾菲城学院。而三妖后被安置在光圣修道院进行感化教育。达卡魔王入侵光圣修道院带走三妖后并收编，命她们为自己寻找秘笈，好解放自己的力量。