《精灵宝可梦XY&Z》讲述主人公小智揭开从来没有任何人看到过的传说中的神兽Zygarde隐藏的秘密，并且与神秘组织“闪光团”展开激战的故事。小智的精灵甲贺忍蛙出现了不可思议的变化。

小智和三色堇来到了卡洛斯地方的密阿雷市，急着想挑战三色堇妹妹道馆的小智因为无法联络而十分沮丧，在得知这里也有道馆十分兴奋，和三色堇分别后，便直接向密阿雷道馆前进，在路上，小智遇见了许多认识和不认识的宝可梦，这让他更加地按耐不住。到达道馆后，小智因为没有收集足够的徽章而掉入道馆的机关，被直接送出道馆的外部，眼看就要摔了下…