故事发生在1926年的纽约，彼时，麻鸡们对魔法师的抵制达到了最高峰，由玛丽露所领导的反魔法组织活动频繁。与此同时，街头巷尾之中时时发生的种种灾难意外让魔法世界的存在离暴露仅有一线之隔，整个魔法部陷入了空前紧张的气氛之中。 就在这个节骨眼上，环游世界进行着研究神奇魔法动物之行动的魔法动物学家纽特抵达了纽约，他随身携带的魔法手…

第二部的故事发生地点将从纽约转移到英国与法国。黑巫师格林德沃将再次掀起风浪。为挫败格林德沃的阴谋，阿不思·邓布利多向昔日的学生纽特·斯卡曼德寻求帮助。纽特欣然允诺，却没有意识到未来的艰险征途。此时的魔法世界面临空前的分裂乱局，阶层鸿沟日益加深，爱与忠诚备受考验，至亲好友也可能反目成仇……