讲述了猎妖师和千年树妖之间的恩怨以及聂小倩、燕赤霞和宁采臣之间的感情纠葛。

故事重返上世纪90年代，终极反派宇宙大帝（科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音）从天而降，驱使以天灾（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音）为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中，蛰伏许久的巨无霸终觉醒，联合汽车人变形出发，一场前所未有的决战即将上演。

登上发现号后，Ensign Tilly（玛丽·怀斯曼 饰）遇上一名意料外的访客并被寻求协助，不过这对组合意外地有着不少共同点。Craft（阿尔迪斯·霍吉 饰）在一间不熟悉的病房醒来后，他发现自己是艘废弃船中的唯一人类，而唯一陪伴着他的是船上的A.I.电脑界面。作为第一名加盟星际舰队的Kelpien人Saru（道格·琼斯 饰），他过去与父亲及妹妹在母星过…