柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡…

某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在…

故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是由一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起的。由于未能及时发现航道上有巨大冰山，货轮猛烈撞上冰山后导致引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员还是不幸罹难。而在15年后的东京大都会，大财团的著名设计师在驾车时，突然心脏病发作。连人带车冲向山…

在秘鲁雨林无边的翡翠之中,战线一直在被写就和改写。杀手们在这个极为密集的战区摩肩接踵,这是权力、毒药、智慧、翅膀以及下颌的战争。通过几百万年的进化训练出了捕食的完美,它们跟踪猎物。同时确保自己不会变成其余捕食者的菜单。年轻动物面临风险,每根枝干和每片树叶之下都是。谁会在拥挤亚马逊狂野的猎捕中获得胜利？亚马逊雨林的西南边缘有…

这日柯南、小兰一行人来到米花町市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说作家工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。然而游戏的研发者兼负…

纽约作为美国贸易、工业和文化中心，自二十世纪以来一直稳居美国第一大城市的宝座。本片从几亿年以前的板块运动开始讲起，介绍了这片土地的形成过程。并讲述了纽约如何从一个被欧洲人发现的小港口，通过土地填埋，街道规划，建设摩天大楼和地下基础设施变为一个吸引百万人口的世界级超级大都市。

柯南、灰原、步美、光彦、元太随博士露营回来，他们绕道去参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰巧也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。参观期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查，发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画…

公元1424年8月12日，蒙古高原大兴安岭西坡，榆木川明军大营，一带雄主朱棣正无限接近生命的终点。对于戎马一生的永乐大帝来说，以军营为最终的归宿地是令他满意的，回想自己的人生轨迹，那些不可计数的荣耀时刻，必将使朱棣彪炳青史，然而，作为人生的大赢家，朱棣也有遗憾，在生命的最后时刻，他喊出了一个人的名字：夏原吉。

阳光明媚的一天，东都体育场正进行一场精彩的足球比赛，江户川柯南、灰原哀、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边，侦探事务所内的名侦探毛利小五郎却接到一通恐怖袭击的电话。这不是游戏或虚张声势，像是在挑衅毛利小五郎一般，路上的汽车在眼前爆炸。阻止犯人犯案的方法只有一个，那就是解读犯人留下的神秘暗号！经…

本片乍看像是中世骑士风的奇幻故事，其实却是科幻剧。制作方面原本预定播映一年（全50集），但因为主要赞助商TAKARA的模型销售状况不佳，而跟着缩水成播映半年告终。因此相较于前半段扎实的剧情走向，最后五集的故事发展却令人出乎意料。不过本片作画监督塩山纪生曾表示本片“如果播半年”就愿意担任全集的作画监督（实际上塩山也的确担任本片各…