这是工藤新一变成江户川柯南100天前的故事。高中生侦探工藤新一(沟端淳平饰)和毛利兰(忽那汐里饰)一起去深山里的圆月村。在那个村子里流传着巨大的伯劳鸟袭击村人，并像贡品一样挂到树上的大鸟传说。村子里将在3天后举行大鸟的灵魂平息祭典。而工藤新一将一步步解开村子内的怪鸟传说之谜。

殡仪馆馆长在不知不觉中接到了一个黑组织帮葬礼，而死者的家人和熟人说服他接受。一个到了结婚年龄的女人认为她会遇到一个有钱的男人，而她的男朋友却被她骗了。一个儿子试图穿上自行车团伙的衣服，而不是一个适合他即将到来的年龄仪式，当然他的父母拼命试图阻止他这样做。一个丈夫开车去医院，妻子要给他生孩子，而他的岳父在他们结婚前就把她…

艾亮（金世佳 饰）是一名外科实习医生，误打误撞之下，他来到了一间宠物医院，在那里开始了他的实习生涯。尽管身为一名正经的医生，学习的亦是专业的医学知识，但在宠物医院中，艾亮俨然成为了一个打杂的，这让艾亮的心里十分愤愤不平，宠物医院那强势的院长丁涵（郭碧婷 饰）更是让他心里很不是滋味。和艾亮分手后，艾亮的前女友留下了一只名为…

在青梅竹马毛利兰的鼓动下，工藤新一半推半就地乘上了飞往京都的飞机，去观摩那里正在拍摄古装剧的毛利小五郎的表演。飞行途中，名叫一名摄影师毙命于洗手间，引起乘务组的恐慌。于是工藤新一就在1万英尺的高空展开了推理。好不容易来到京都拍摄场地，关于男主角樱庭的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次展开了精彩的推…

以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。新一和犯人之间即将展开生死搏斗！