经历了残酷的训练生活，晋升为航空公司副飞行员的仓田粹（玉森裕太饰），因“一起飞行必定会遇到麻烦”而被称为“好运的副飞行员”。这一天也遭遇了恶劣天气，在机长和驾驶舱内忙于应对的情况下，通过无线电传来的女管制官涉谷真梦（中村安饰）冷静的管制，使粹他们的飞机平安地在羽田机场成功着陆。粹也对这个不知道脸和名字的声音的主人“一见…

以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。新一和犯人之间即将展开生死搏斗！